Dix centres du Japon, du Royaume-Uni, du Canada, de la Chine et des États-Unis génotypent les échantillons. Cinq technologies de génotypage sont employées, et le projet s’est doté de rigoureux contrôles de la qualité pour assurer la qualité des données. Les données produites par le projet sont : les nouveaux SNP identifiés, le génotype des 270 échantillons d’ADN individuels, soit environ 3 millions de SNP, les fréquences des SNP et des haplotypes dans chaque population et les SNP marqueurs employés pour identifier les haplotypes.

Toute l’information générée par le projet sera du domaine public. Les nouveaux SNP et leurs fréquences dans le génotype sont publiés sans délai dans la base de données publique Single Nucleotide Polymorphism Database (dbSNP) du NIH. Une fois que des SNP en densité suffisante auront été génotypés pour circonscrire une région de forte association, les haplotypes, les génotypes individuels et les SNP marqueurs de cette région seront mis à la disposition du public sans restrictions. Avant même que les régions chromosomiques aient été analysées assez exhaustivement pour identifier les haplotypes, les données sur les génotypes individuels seront publiées dans le cadre d’une politique d’accès aux données imposant un minimum de contraintes. Par voie de licence d’adhésion par cliquage via Internet, les utilisateurs devront accepter de ne pas restreindre l’accès aux données par des tiers et de ne partager les données que sur le fondement des conditions de la licence. Les chercheurs et leurs employés, en cliquant sur le bouton « J’accepte », s’engageront à respecter les conditions de la licence. Cette restriction d’utilisation des données HapMap a été conçue dans le seul but de faire en sorte que les données continueront d’être accessibles à tous les chercheurs. Au terme du projet, prévu vers la fin de 2005, toutes les données qui n’ont pas été entièrement publiées seront rendues publiques dans la base de données publique d’ADN.

Les participants au projet sont d’avis qu’on ne devrait pas accorder de brevets pour des SNP ou des haplotypes ne présentant pas une « utilité spécifique » démontrée, telle que définie dans les lois sur les brevets. Cependant, si une telle utilité spécifique peut être démontrée pour un SNP ou un haplotype, toute organisation, qu’elle soit associée ou non au projet, ne devrait pas avoir le droit de demander de brevet si celui-ci compromet l’accès aux données du projet des autres organisations.

Le projet ne comprend aucune étude visant à associer des variations génétiques à des caractéristiques significatives sur le plan médical. Par conséquent, toute découverte potentiellement brevetable ne peut être réalisée qu’en menant des recherches additionnelles indépendantes du projet HapMap. Les participants au projet ont consenti à ne pas utiliser les données HapMap pour d’autres travaux dans leurs laboratoires avant que les données ne soient publiées. Les participants au projet ont accès aux données HapMap aux mêmes conditions que tous les autres utilisateurs.