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Directives sur l'utilisation responsables des données de HapMap disponibles ici

Recherche de données à l'aide de graphiques

Téléchargement de données brutes

Les dossiers suivants contiennent les données du projet qui ont été rendues publiques. (Consultez la Politique d'accès aux données pour de plus amples renseignements.) Chaque dossier comprend un fichier d'information " README " qui contient des renseignements plus détaillés sur les données qui s'y trouvent:

• Données brutes
• Génotypes: génotypes individuels soumis à la base de données DCC à ce jour.
• Données de LD: propriétés du déséquilibre de liaison D', LOD, R² compilé des données de génotypage jusqu'à présent
• Phasing Data: Données phasées générées par le logiciel PHASE compilées à partir des génotypes de la diffusion publique de données #16 (les données de la Phase I).
• SNP sélectionnés: groupes de SNP sélectionnés dans la base de données dbSNP, dont le génotypage a été priorisé en fonction de plusieurs critères (voir comment les SNP ont été sélectionnés). Le fichier 00README contient des comptes de SNP par chromosome et d'autres renseignements.
• Fréquences: fréquences d'allèles et de génotypes tirées des données de génotypage soumises à la base de données DCC à ce jour. Ces fréquences ont également été soumises à la base de données dbSNP et devraient être disponibles dans la prochaine mise à jour de dbSNP.
• Taux et "hotspots" de recombinaison : Taux et "hotspots" de recombinaison obtenus à partir des données de génotype.
• Essais de SNP: détails sur les essais soumis à la base de données DCC à ce jour. Amorces PCR, sondes d'extension, etc., spécifiques à chaque plate-forme de génotypage.


• Logiciel
• Fureteur du génome générique: Tous les fichiers de configuration du Fureteur du Génome, les fichier GFF, les plugins et autres fichiers afin de permettre l'installation locale du Fureteur, avec les génotypes de HapMap et les données de fréquence allélique.


• Documentation
• Protocoles: Information sur le design des essais, sur le génotypage et autres protocoles utilisés dans le projet.
• Échantillons/ individus: information sur les échantillons utilisés dans le projet et sur les individus qui ont fourni ceux-ci. (voir À propos du projet : Populations et échantillons).
• Documents XML : documentation sur le format XML utilisé pour le projet.

Les regions ENCODE

Dix régions ENCODE sont présentement étudiées par les centres du projet HapMap. Le travail est le suivant: 1) génotyper tous les SNPs de dbSNP dans chacune des dix régions et 2) reséquemcer plusieurs échantillons et génotyper les SNPs supplémentaires découverts. Ces régions ont été choisies par le groupe d'Analyse et incluent différents chromosomes, taux de recombinaison, densités de gènes, et valeurs de conservation de régions non-transcrites avec la souris. Pour plus d'information sur le projet ENCODE, voir la page ENCODE du site HapMap, vous pouvez tèlècharger les donnèes de gènotypage ici.

Notes sur la diffusion de données

HapMap data release #28, August 2010, on NCBI B36 assembly, dbSNP b126 --

This release contains genotypes and frequencies for non-redundant SNP assays from phases I+II 
and III of the HapMap project. For SNPs genotyped in both phases of the project, phase III SNP 
assays were preferentially selected, as per the larger number of HapMap samples included during 
this phase. 

Note for genotypes files: For SNPs with no data in phase III (ie, only included in phase I+II), 
"NN" was used as place holder.

Additional information may be found in the README document:
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/hapmap/genotypes/2010-08_phaseII+III/00README.txt 

The following inconsistencies were detected after processing of the data in this release: 

* Known indels: 422 SNP assays with alleles herein coded as D and I
* Multiple positions: 23 SNPs with multiple assays mapping to different genomic locations
* Multiple alleles: 27 SNP assays with more than two alleles, one of which could be absent (deletion)

Complete lists of the above inconsistencies may be found in:
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/hapmap/genotypes/2010-08_phaseII+III/inconsistencies/

Genotyped non-redundant QC+ SNPs:

chr	ASW	CEU	CHB	CHD	GIH	JPT	LWK	MEX	MKK	TSI	YRI
1	125129	314222	317642	104948	112989	317446	123617	117736	124198	113882	313459
2	126201	329906	330754	106442	114414	330598	124885	118709	125468	115314	323846
3	104551	259502	259578	88819	95111	259476	103552	98249	104014	95977	255437
4	94564	248255	248468	79886	86093	248378	93711	87927	94344	86988	243603
5	95480	250784	251326	82127	87776	251246	94425	90156	94999	88213	246571
6	99107	272384	276251	85961	91492	276026	97485	94123	98185	93015	270475
7	82125	216652	217377	70759	75929	217274	81302	78240	81835	76571	213177
8	82181	215935	218940	69472	75346	218875	81222	77085	81758	75834	215371
9	69207	183950	185335	59952	64358	185255	67875	65594	68453	64611	182775
10	79701	211778	214061	68325	73467	214000	78538	76347	78974	73846	210425
11	76716	207013	208147	65193	69820	208129	75704	71899	76057	70446	202587
12	74164	195231	196061	63505	68269	195994	73029	70686	73362	68198	193879
13	56991	157480	159596	48263	52257	159554	56282	53219	56899	52690	156961
14	49078	124751	125414	41997	45027	125351	48557	46462	48789	45441	122710
15	45565	108502	109028	39124	41443	108955	45183	42409	45177	41668	106583
16	48100	111919	111861	40028	43165	111786	47670	44851	47619	43509	109811
17	40768	92433	92266	34004	36827	92177	40529	38280	40422	37391	90944
18	44751	120227	121042	37723	40388	121018	44307	41993	44481	40850	119034
19	27866	59707	59571	23876	25389	59520	27869	26888	27525	25665	58839
20	38787	121109	121114	32699	35313	121075	38301	36915	38480	35652	119137
21	21123	51010	52426	18302	19512	52405	20912	20036	21093	19732	51197
22	21890	56011	57615	18389	20029	57603	21409	20531	21470	20193	56842
X	39065	121177	121775	31971	34489	121804	40412	34719	38394	34280	121026
Y	616	943	930	576	606	926	620	605	585	556	922
M	5	212	206	2	1	206	7	0	6	4	211
-----------------------------------------------------------------------------------------------

Total	1543731	4031093	4056784	1312343	1409510	4055077	1527403	1453659	1532587	1420526	3985822

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 hapmap-help@ncbi.nlm.nih.gov

À propos du DCC

Le Centre de coordination des données (DCC) du projet HapMap coordonne et gère la circulation, l'archivage, la diffusion et la présentation publique des données issues du projet. Ses tâches incluent notamment la gestion de la base de génotypes et l'administration du présent site Web. Le DCC est exploité par le groupe de Lincoln Stein au Cold Spring Harbor Laboratory.

Dernière mise à jour : index.html.fr,v 1.14 2005/09/29 20:17:47 krishnan Exp fc